Programas para el alineamiento múltiple de secuencias.

Herramienta Dirección de Internet Descripción
CLUSTALW-Ebi http://www.ebi.ac.uk/clustalw/index.html Versión WEB del programa Clustal W implementada en el EMBL.
Muscle-Ebi http://www.ebi.ac.uk/muscle/ MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation. Programa para el alineamiento multiple del que se indica puede obtener mejores alineamientos en menor tiempo que Clustal y T-Coffee.
DBClustal http://bips.u-strasbg.fr/PipeAlign/jump_to.cgi?DbClustal+noid Herramienta para alineamiento múltiple que utiliza el algoritmo Clustal W, para alinear una secuencia problema con los mejores resultados de una búsqueda con Blastp.
DIALIGN 2 http://www.genomatix.de/cgi-bin/dialign/dialign.pl
http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/dialign2.html
Alineamiento múltiple mediante métodos reiterativos.
MultAlin http://prodes.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html Alineamiento múltiple mediante métodos reiterativos.
Parallel PRRN http://prrn.ims.u-tokyo.ac.jp/ Alineamiento múltiple mediante métodos reiterativos.
T-COFFEE http://www.tcoffee.org/
Alineamiento múltiple que emplea un algoritmo genético y una función de puntuación de consistencia con un árbol filogenético.
MACAW ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/schuler/macaw/ Programa que implementa el método estadístico Gibbs’ sampler para el alineamiento de la secuencia por bloques de mayor conservación (La versión para Windows se incluye en el CD).
WebLogo http://weblogo.berkeley.edu/ Servidor para la creación de logos a partir de alineamientos múltiples de secuencias.

HMMER
http://hmmer.janelia.org/
Método estadístico que utiliza los Modelos Ocultos de Markov para construir patrones de alineamiento y alinear secuencias con respecto a los patrones. (Una versión para Windows se incluye en el CD).
HMMER-Bioweb http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/motif/hmmer-uk.html Implementación del programa HMMER en el servidor Bioweb del Instituto Pasteur.
Pôle Bioinformatique Lyonnnais Gerland http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_server.html
Colección de herramientas para el alinamiento múltiple de secuencias.